Das Dezernat 6 ist eine dezentrale, operative Einheit der Kaufmännischen Direktion und dient als Schnittstelle zwischen der Frauenklinik und der zentralen Klinikumsverwaltung. Dem Dezernat obligen unter anderem folgende Aufgaben:
Neben der Frauenklinik betreut das Dezernat folgende weitere Einheiten: Anästhesie, interdisziplinäres Schmerzzentrum, Molekulare Pneumologie, Nephropathologie, Pathologie, Palliativmedizin, Allgemeinmedizin, Core Units, Experimentelle Therapie, Franz-Petzoldt-Zentrum, Klinisch-Molekularbiologisches Forschungszentrum, Neuroradiologie, Radiologie, Strahlenklinik.